1. Departamento de Saúde.
a) Repartição de Assistência Médica;
b) Repartição de Saúde Pública.
2. Departamento de Estudos, Planificação e Comunicação.
3. Departamento de Administração e Finanças.
a) Repartição de Finanças;
b) Repartição de Património;
c) Secretaria – geral.
4. Departamento de Recursos Humanos.
a) Repartição de Recursos Humanos.
5. Unidade de Controlo Interno;
6. Repartição de Assuntos Jurídicos;
7. Repartição de Logística e Assistência Farmacêutica;
8. Repartição de Aquisições.
São instituições tutelas pelo Serviço as seguintes instituições sediadas na Cidade de Maputo:
a) Hospital Especializado em Saúde Mental;
b) Hospitais Gerais e Unidades Sanitárias da sua respectiva área de Saúde;
c) Institutos de Formação em Saúde;
d) Centro de Exames Médicos;
e) Centro de Higiene Ambiental;
f) Junta de Saúde da Cidade.
O Colectivo de Serviço é o órgão com a função de analisar e emitir parecer sobre matérias inerentes ao Serviço de Saúde e é convocado e dirigido pelo Director do Serviço.
1. O Colectivo do Serviço reúne-se, ordinariamente, de quinze em quinze dias e, extraordinariamente, sempre que as necessidades de serviço o exigirem.
2. O Colectivo do Serviço tem a seguinte composição:
a) Director do Serviço;
b) Médico Chefe da Cidade;
c)Chefes de Departamento;
d) Chefe da Unidade de Controlo Interno;
e) Chefes de Repartição Autónoma;
f) Directores dos Hospitais.
j) Directores Distritais de Saúde;
h) Director do Instituto de Formação em Saúde;
3. Podem ser convidados a participar no Colectivo de Serviço, em função da matéria, técnicos, especialistas e parceiros do Serviço.